הגוף ההנדסי והתפעולי, בראשות מהנדס האגוד, מפעיל את תחנות השאיבה הפזורות בגוש דן, מבצע פקוח על תפעול מפעל השפד"ן, מערכות ההולכה, ומבצע את התאום עם העיריות לגבי עבודות פתוח ותשתית באזורי קווי האגוד.

תחום הפרויקטים ההנדסיים באגוד מנוהל ומתופעל על ידי צוות מהנדסים, האחראי על פעולות התכנון, הובלת המכרזים, הניהול השוטף, הביצוע והבקרה של פרוייקטים בתחום התשתיות, צנרת ההולכה, החשמל והבינוי במתקניו הרבים של האגוד.

בתחנות השאיבה, הפרושות ברחבי גוש דן, עובדים צוותים טכניים של חשמלאים, מכונאים, בקרי תפעול ואנשי צוות קווים. צוותים אלו אחראים על תפקודן של תחנות השאיבה, על התחזוקה השוטםת של קווי הביוב.