התהליך הביולוגי של טיהור השפכים והשימוש בחיידקים
בתהליך הביולוגי מנוצלים סוגי חיידקים ובקטריות, המעכלים את חומרי הפסולת, תוך החדרת חמצן למים בעזרת מאווררים כדי לאפשר את הפרדת המזהמים מהמים, מביאים את אוכלוסיית החיידקים לידי ריבוי, עד לכמות שתספיק לעכל את חומרי הזיהום בזמן נתון.
תנאי הקיום של החיידקים האירוביים הללו, הם אספקת מזון אורגאני המצוי בשפכים וחמצן.

לאחר סיום שלב העיכול החיידקים מתפתחים לגושים יותר גדולים, שניתנים להפרדה מהנוזל בעזרת שיקוע, ולאחר השיקוע מתקבלים קולחים באיכות גבוהה.

כאמור, תהליך הטיפול הביולוגי מבוסס כולו על תהליך הבוצה המשופעלת, המורכבת מאוכלוסיה צפופה של אותם מיקרו-אורגניזמים המוחזקים במצב של פעילות גבוהה ומתמדת בבריכות בטון מתוכננות לכך, (ריאקטורים ביולוגיים) אשר לתוכם מוזרמים שפכים גולמיים מסוננים.
המיקרו-אורגניזמים מפרקים את תרכובות הפחמן והחנקן שהם עיקר המרכיבים של הביוב העירוני והתעשייתי.

כדי לקיים את הפעילות המתמדת של האוכלוסייה המיקרו-ביולוגית (ביומסה) ולקבל את הטיפול הנאות, המיקרו אורגניזמים בשפכים נשארים בריאקטור הביולוגי לתקופה של בין12 עד 14 שעות בממוצע.

באותה עת הביומסה מועשרת בחמצן המוחדר לריאקטור הביולוגי באמצעים מכאניים (יחידות אוורור אופקיות) וממשיכה להתערבל ע"י סחרור בתוך הריאקטור.

לפני הגיעו לריאקטור הביולוגי עובר הביוב הגולמי טיפול מוקדם הכולל סינון דרך מערכת כפולה של מגובים לסילוק מוצקים מרחפים בלתי מתפרקים, ודרך אגני גרוסת לסילוק חול ושומנים צפים. כל החומרים שהופרדו בסינון, שיקוע החול, הצפת שומנים, וחומרים אנאורגאניים אחרים מסולקים במיכלי מתכת סגורים לאתרי קבורה מחוץ למכון הטיהור.