מערכת קוי איגודן מתוכננת כמערכת המורכבת משלושה עורקים אורכיים ראשיים
מצפון לדרום וקוי רוחב ראשיים ממזרח למערב המחברים ביניהם.
כיום, העורק הראשי הפעיל נמצא ממערב (קו Q), ועורק ראשי ממזרח (קו מזרחי)
העומד לקראת סיום ביצוע. עורק נוסף מתוכנן ונמצא בשלבי תכנון מתקדמים
הינו קו AY המכונה גם "הקו השלישי" במקביל לנתיבי איילון.
תצורה גמישה זו של המערכת תאפשר ויסות ספיקות השפכים בין הקוים השונים
בהתאם לעומסי הזרימה והטיית השפכים לקו חלופי במהלך תחזוקה או במהלך תקלה באחד הקוים או תחנות השאיבה.