קו AY המכונה גם "הקו השלישי" נמצא כרגע בשלבי תכנון מתקדמים, והוא עתיד להחליף את קו C הוותיק.
בניגוד לקו C המזרים מדרום לצפון, כוון הזרימה בקו AY יהיה מצפון לדרום.
הקו יתחיל מאזור גני יהושע בצפון, יעבור במקביל לנתיבי איילון בגרביטציה דרומה
עד לתחנת שאיבה מתוכננת "איילון" לא רחוק מפניה מנתיבי איילון לכביש 1 לכוון ירושלים,
באורך 7.5 ק"מ ובקוטר 160 ס"מ. משם יונח קו סניקה שיקשר בשלב ראשון את קו AY לקו המזרחי
בקוטר מתוכנן 120 ס"מ ובאורך כ-3.2 ק"מ. בשלבים מאוחרים יותר יוקם קו סניקה נוסף שיקשר את קו AY גם עם קו Q המערבי.

חשיבותו הרבה של קו AY היא:

- יכולת קליטת כל השפכים מהאזורים ההולכים ומתפתחים באגן המרכזי של גוש-דן
מזרחית ומערבית לציר נחל האיילון לטווח רחב של שנים קדימה.
- גמישות מערכתית - גיבוי הקו המזרחי והקו המערבי במהלך תחזוקה,
או בזמן ספיקות שיא חריגות או במקרי תקלה.
- ביטול הצורך בקו C המיושן ובסיפונים הרבים המתחברים אליו החוצים את נחל האיילון.
- קיצור זמן זרימת השפכים במערכת ההולכה באופן משמעותי בעקבות שינוי כוון הקו מצפון לדרום.
הקו הגרויטציוני יוקם כולו בדחיקה בעומקים שבין 12 מ' לבין 27 מ', ללא צורך בפתיחת כבישים,
למעט בביצוע תאי בקרה נקודתיים.