הגנה על המים
כדי למנוע פגיעה עתידית באיכות הסביבה, כגון זיהום הנחלים והקרקע, מקים איגודן את "הקו המזרחי". הקמתו תזרים עשרות מיליוני מ"ק של שפכים לטיהור בשפד"ן. המים ישמשו להשקיה חקלאית, ויהוו תרומה מידית להגדלת משק המים בישראל.
פעולות אלה משמרות את מערכת הולכת השפכים ומשביחות את איכות מי הקולחים המופקים בשפד"ן, ובזכותם, חופי תל-אביב ובת-ים הנם מן החופים הנקיים ביותר באגן הים-התיכון.

כל מה שצף
שמנים שמקורם בתעשייה לרבות שמנים ממוסכים וממסעדות, נאגרים במפרידים הנמצאים במפעלים השונים, ונאספים על ידי מיכליות מיוחדות. עד לאחרונה לא נמצא בארץ אף פיתרון סביבתי לטיפול בשמנים. ביוזמת האגוד הוקם בשטח השפד"ן מרכז לטיפול בשמנים תעשייתיים. בתהליך מיוחד מפרידים את המים מהשמנים. שמנים אלה משמשים לאחר הפרדת המים כחומרי דלק שונים ובעתיד אף כחומרי גלם לתעשיית הנרות והסבונים התעשייתיים.